Inkigayo được phát sóng lần đầu tiên với tên gọi SBS Popular Song vào năm 1991 dưới dạng một chương trình bảng xếp hạng, nhưng đã bị hủy bỏ vào mùa thu năm 1993. Chương trình sau đó được phục hồi vào năm 1998 vẫn với tên gọi và format cũ. Năm 2003, hệ thống bảng xếp hạng được thay thể bởi Take 7 với 7 nghệ sĩ nổi tiếng nhất trong tuần và người chiến thắng sẽ nhận được giải thưởng Mutizen Song.

Mùa xuân năm 2007, chương trình chuyển sang phát sóng trực tiếp với mục đính tăng lượng người xem, đồng thời đổi tên tiếng Anh của mình thành The Music Trend. Ngày 2 tháng 11 năm 2008, chương trình đổi thời gian phát sóng từ 3:20 đến 4:10 chiều các ngày Chủ nhật cũng nhằm tăng lượng người xem. Mùa xuân năm 2010, chương trình tăng thời lượng lên 70 phút và bắt đầu từ 3:50 chiều các ngày Chủ nhật.

Ngày 10 tháng 7 năm 2012, SBS thông báo rằng hệ thống Take 7 và giải thưởng Mutizen Song sẽ bị hủy bỏ bắt đầu từ ngày 15 tháng 7 năm 2012.[2]

Ngày 3 tháng 3 năm 2013, chương trình công bố sự quay trở lại của hệ thống bảng xếp hạng với Inkigayo Chart bắt đầu từ ngày 17 tháng 3 năm 2013. Bảng xếp hạng mới có sự kết hợp với bảng xếp hạng Gaon của Hiệp hội Ngành công nghiệp Âm nhạc Hàn Quốc.[3]